Университет создан приказом Народного комиссара путей сообщения Союза Советских Социалистических Республик от 08.09.1937 № 232Ц, как Хабаровский институт инженеров железнодорожного транспорта.
В 1968 г. был создан факультет повышения квалификации (ФПК).
В 1993 г. ФПК переименован в центр переподготовки и повышения квалификации (ЦППК).
В 2001 г. ЦППК получает статус института повышения квалификации (ИПК).
В 2007 г. ИПК преобразован в Институт дополнительного образования (ИДО). Абсолютное количество слушателей, прошедших обучение в период 1968–2016 гг.– 144934 чел.
В последние годы успешно реализуются программы профессиональной переподготовки для студентов старших курсов. Это дает им возможность получить диплом ДВГУПС установленного образца на ведение профессиональной деятельности в сфере по выбранной программе обучения. Это в значительной мере повышает востребованность выпускников университета на рынке труда.